V § 38 se upřesňuje definice odpadních vod (za odpadní vody se nově považují i srážkové vody z dešťových oddělovačů jednotné kanalizace). Dále se zpřesňují požadavky na zneškodňování obsahu bezodtokových jímek. Platí povinnost zajistit zneškodňování odvozem na čistírnu odpadních vod (ČOV) a na výzvu vodoprávního úřadu nebo inspekce předložit doklady o odvozu odpadních vod za poslední dva kalendářní roky. Při splnění podmínek bude na obsah jímky pohlíženo jako na odpadní vodu ve smyslu vodního zákona a nikoliv jako na odpad.
Mění se kompetence správy poplatků za odebrané množství podzemní vody a za vypouštění odpadních vod do vod povrchových, a to z České inspekce životního prostředí na Státní fond životního prostředí. Podle novely se všechny tři poplatky podle vodního zákona (poplatek za odebrané množství podzemní vody, poplatek za vypouštění vod do vod povrchových a poplatek za povolené vypouštění odpadních vod do vod podzemních) budou nově zcela spravovat podle daňového řádu.